Baldassarre Longhena nacque a Venezia nel 1598, iniziò la sua attività artistica come scultore nella bottega del padre dove conobbe e fu allievo di Scamozzi.
Nel 1630 vinse il concorso per la chiesa di Santa Maria della Salute che fu realizzata per volere del senato Veneziano come ex voto per la fine dell'epidemia di peste che aveva sconvolto la città in quel periodo.
Nella chiesa, a una pianta centrale ottagonale con un'abside ellittica disposta trasversalmente, Longhena raccoglie la lezione Palladiana e Sansoviniana per trasformarla in chiave barocca data dal movimento e dallo sfarzo decorativo. Le decorazioni plastiche arricchiscono lo spazio soprattuto da osservare sono le volute radiali che sono poste come raccordo tra la parte bassa della chiesa e la grandiosa cupola sovrastante.
Nel 1640 finì le Procuratie Nuove che lo Scamozzi aveva lasciate incompiute, dopodichè si dedicò alla costruzione della biblioteca e lo scalone d’onore nel convento di San Giorgio Maggiore.
Dal 1656 al 1663 lavorò alla chiesa degli Scalzi, dal 1670 al 1672 costruì la facciata della chiesa dell’Ospedaletto e nel 1668 si dedicò alla facciata della chiesa dei Carmini.
Si dedicò anche all'architettura civile, tra le opere ricordiamo la Ca' Pesaro e la Ca' Rezzonico (la cui facciata però fu realizzata più tardi dal Massari).
Tra le sue opere scultoree ricordiamo il Monumento Pesaro nella chiesa dei Frari realizzato nel 1669.
Baldassarre Longhena morì a Venezia nel 1682.